Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских захватчиков. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательная девочка, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим Офелии, капитан Видаль — безжалостный офицер армии Франко, одержимый идеей уничтожить повстанцев любой ценой. Одинокая и погруженная в мир фантазий, Офелия находит утешение в древнем заброшенном лабиринте, скрытом неподалеку от дома.
В глубине лабиринта её ждёт встреча с таинственным Фавном, хранителем подземного царства. Существо открывает девочке невероятную тайну: Офелия — не кто иная, как давно потерянная принцесса волшебного королевства, чей отец веками искал её. Фавн предлагает ей шанс вернуться в родные чертоги, но для этого она должна выполнить три трудных испытания до наступления полнолуния. Главное условие — абсолютная секретность, ведь никто не должен узнать о её истинной судьбе.